JR Timur diperbadankan pada 1 April 1987 selepas dipisahkan daripada syarikat milik kerajaan, Kereta Api Negara Jepun (JNR). Walaupun secara ukurannya ia "diswastakan", syarikat itu sebenarnya adalah anak syarikat milik penuh kerajaan, Perbadanan Penyelesaian Kereta Api Negara Jepun untuk beberapa tahun dan tidak habis dijual kepada orang ramai sehingga 2002.

Selepas pemisahan tersebut, JR Timur mengendalikan aliran yang dahulunya dikendalikan oleh JNR di kawasan Tokyo Raya, Tōhoku dan kawasan sekitarnya.